Comissão Diretiva do CFE consiste no Conselho de Coordenação eleito, pelos PIs e co-PIs de cada grupo de investigação, por um representante dos investigadores doutorados e por um representante dos investigadores não doutorados.
A Comissão Diretiva é auxiliada pela Comissão Científica, que inclui todos os membros doutorados integrados do CFE e é responsável por implementar a missão da unidade de I&D e por eleger o Conselho de Coordenação e a Comissão Diretiva.
A atividade científica do CFE é avaliada por um Conselho Consultivo Externo, formado por seis investigadores externos de reconhecido mérito científico, que se reúnem uma vez por ano para avaliar e fornecer feedback independente sobre os relatórios de investigação produzidos pela unidade de I&D:
Os alunos de Pós-Graduação são continuamente estimulados a um envolvimento ativo na dinâmica de investigação do CFE e são encorajados a participar em todas as atividades de divulgação científica do CFE.
São regularmente promovidas iniciativas e atividades com a sociedade civil e importantes atores na área de investigação do CFE, de organizações que promovam a inovação e a transferência de conhecimento, estabelecendo a conexão entre o ecossistema científico e tecnológico e o setor produtivo, organizações privadas, organizações governamentais, a associações sem fins lucrativos interessadas nos resultados das atividades do CFE.
Em todas as estruturas e iniciativas, o CFE está comprometido em promover a igualdade de género, assim como em salvaguardar a integridade dos seus membro qualquer discriminação que afete o acesso e a qualidade da investigação efetuada.
O CFE é uma das cinco unidades de investigação que fazem parte do Laboratório Associado TERRA. O Laboratório congrega mais de 400 investigadores das Universidades de Lisboa e Coimbra, convergindo num tema comum: a sustentabilidade no uso da terra, tanto do ponto de vista do ecossistema como da população.