As atividades de investigação do CFE dependem de um extenso trabalho de campo, em Portugal e noutros países.
O CFE possui laboratórios bem equipados onde os investigadores têm acesso a vários de instrumentos fundamentais para estudos em ecologia, ecotoxicologia, biotecnologia, ciências vegetais, biologia molecular e microbiologia, entre outras disciplinas. Essas instalações incluem equipamentosde cromatografia líquida de alto desempenho, um espectrómetro de absorção atómica, microscópios de fluorescência, sistemas de imagem, citómetros de fluxo, câmaras de fluxo, leitores de microplacas, sistemas de PCR em tempo real e outros equipamentos de menores dimensões.





